Tháng 9.2020, Nguyễn Filip từng được gọi lên đội tuyển Cộng hòa Czech, dự trận đấu trong khuôn khổ UEFA Nations League gặp Scotland. Tuy nhiên, anh không ra sân phút nào, nhờ thế mới đủ điều kiện khoác áo đội tuyển Việt Nam sau này, sau khi đã có quốc tịch Việt Nam. go88 vin