Động cơ trên Honda Vario 125 vẫn là loại máy xăng 4 thì, SOHC, dung tích 124,8cc công nghệ eSP làm mát bằng dung dịch kết hợp hệ thống phun xăng điện tử PGM-FI. Động cơ này cho công suất 11,1 mã lực tại vòng tua máy 8.500 vòng/phút, mô-men xoắn cực đại 10,8 Nm tại 5.000 vòng/phút. Đây là động cơ cũ từng được trang bị trên các thế hệ trước, cho mức tiêu hao nhiên liệu 2,16 lít/100 km.phimca3